凡符合《香港有機資源中心認證有限公司──有機作物生產、水產養殖、加工處理及投入物料標準》生產的產品均可申請本公司的有機認證，經認證委員會審核並確認認證資格後，會授予認證標誌的使用權。標誌在使用時須符合標準內的相關規定。
獲得公司有機認證的單位須按標準內的相關規定，在有機產品上貼上專門的認證標誌，標誌經已在香港知識產權署商標註冊處註冊。標誌由圖案及中英文文字組成。
由於公司已獲國際有機農業運動聯盟 (IFOAM) 認可，公司的有機認證標誌已於2013年4月被含IFOAM標誌的公司新標誌完全取代。新標籤由IFOAM簽發，代表一個認證機構已獲IFOAM認可的資格，保證認證過程已由一個獨立的國際機構嚴格監管，確保認證認證資格已達到國際水平。
公司現時共有兩套有機認證標準，分別是《香港有機資源中心認證有限公司 — 有機作物生產、水產養殖、加工處理及投入物料標準 (IFOAM認可版) 》及《香港有機資源中心認證有限公司 — 有機作物生產、水產養殖、加工處理及投入物料標準 (非IFOAM認可版) 》，適用於不同的有機產品。
凡符合《香港有機資源中心認證有限公司 — 有機作物生產、水產養殖、加工處理及投入物料標準 (非IFOAM認可版) 》生產的有機農產品可獲授權使用普通認證版的公司標誌；由於公司已於2012年獲國際有機農業運動聯盟(IFOAM)認可，因此凡符合《香港有機資源中心認證有限公司 — 有機作物生產、水產養殖、加工處理及投入物料標準 (IFOAM認可版) 》生產的有機作物、水產、加工處理及投入物料產品可獲授權使用IFOAM認證版的公司標誌。此標誌由IFOAM簽發，代表一個認證機構已獲IFOAM認可的資格，保證認證過程已由一個獨立的國際機構嚴格監管，確保認證資格已達到國際水平。
公司的有機認證標誌分為3種：
非IFOAM認可版標誌
符合IFOAM認可認證標誌
 有機農產品或含有不少於95% 有機材料的加工產品 |  轉型期內生產的農產品 |  含有不少於70%但不多於95% 有機材料的加工產品 |
消費者憑著在有機產品或其包裝上的有機標誌，便可分辨獲公司認證的有機產品。如消費者欲查詢個別農場或加工單位的獲認證有機產品，可到已獲認證單位名冊查詢。